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공익법인 회계 및 세무관리

Ⅰ. 공익법인의 회계 및 세무업무
공익법인의 회계 및 세무관리 업무는 그 내용이 많아서 작은 지면으로 설명하기는 어렵지만, 주로 발생하고 있는 내용을 중심으로 몇 가지를 확인하기로 한다.
1. 공익법인의 범위 관련 규정
공익법인의 범위는 상속세 및 증여세법 시행령 제12조[공익법인 등의 범위]에서 규정하고 있다. 법인세법 시행령 제39조[공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등] 제1항에도 공익법인의 범위를 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제89조 제1항에서도 공익단체의 범위를 규정하고 있는데, 상속세 및 증여세법 시행령 제12조[공익법인 등의 범위]는 법인세법의 공익법인, 소득세법상의 공익단체도 포함하는 범위로 규정하고 있다. 실무적으로 공익법인이 설립되는 근거법률도 매우 다양하게 존재하고 있는데, 설립근거 법률의 종류에 관계없이 상속세 및 증여세법상 공익법인에 해당하면 상증법에서 요구하는 회계처리 및 세무처리를 하여야 한다.
2. 공익법인의 회계 및 세무업무
① 일정한 규모 이상의 공익법인은 공익법인회계기준에 따라 재무제표를 작성하고 홈택스에 공시하여야 한다.
② 공익법인이 법인세법상 수익사업에서 생기는 소득이 있는 경우에 법인세 신고납부의무를 부담한다.
③ 공익법인의 법인세법상 수익사업에서 생기는 소득에 대하여 공익법인회계기준에서 인정하고 있는 고유목적사업준비금을 설정하여 법인세 부담을 줄일 수 있다.
④ 공익법인이 재무상태표상 총자산가액이 100억원 이상이거나, 수입금액, 출연받은 재산가액이 일정규모 이상에 해당하면 외부감사인의 회계감사를 받아야 하고 감사보고서를 홈택스에 공시하여야 한다.
⑤ 공익법인의 외부전문가 세무확인 : 공익법인 등은 사업연도별로 출연받은 재산의 공익목적사업 사용 여부 등에 대하여, 해당 공익법인 등으로부터 업무수행상 독립된 2명 이상의 세무사 등을 선임하여 “외부전문가의 세무확인”을 받아야 한다. 다만, 자산 규모, 사업의 특성 등을 고려하여 소규모 공익법인 등의 경우에는 예외를 인정한다.
Ⅱ. 공익법인 회계 및 세무업무 관련 유의할 사항
1. 공익법인이 회계감사를 받는 경우 유의할 사항
(1) 외부회계감사의무를 적용받지 않는 공익법인
회계감사를 받아야 하는 사업연도(과세기간)의 직전 사업연도(과세기간)의 총자산가액 등이 다음을 모두 충족하는 공익법인 등은 외부회계감사의무를 적용받지 않는다. 다만, 상증령 제41조의2 제6항에 해당하는 공익법인 등[내국법인 발행주식의 5%초과 소유 등]은 제외한다.
① 과세기간 또는 사업연도 종료일의 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 상증법 제60조・제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 100억원 미만일 것
② 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 50억원 미만일 것
③ 해당 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액이 20억원 미만일 것
따라서 회계감사를 받아야 하는 직전 사업연도 종료일에 총자산가액이 100억원 이상이거나 직전 사업연도의 수입금액과 출연재산의 합계액이 50억원 이상 또는 출연재산가액이 20억원 이상인 공익법인은 회계법인으로부터 외부회계감사를 받아야 한다.
(2) 공익법인 외부회계감사에서 유의할 사항
① 공익법인 외부회계감사에서 적용되는 재무제표는 향후 공익법인의 결산서류 공시에 적용되는 재무제표와 동일해야 하고, 공익법인 외부전문가 세무확인에서 작성하는 <공익법인 출연재산에 대한 보고서>의 금액과도 연계되어 있다.
② 공익법인회계기준을 적용하여 재무상태표와 운영성과표를 작성함에 있어서 공익사업부문과 기타사업(수익사업)부문을 구분해서 작성하고 이를 통합하여 공시하는데, 전기와 당기의 비교표시 재무제표를 작성한다.
③ 운영성과표를 작성하는 과정에서 공익사업부문은 사업수행비용을 분배비용, 인력비용, 시설비용, 기타비용으로 집계하고, 기타사업(수익사업)부문은 기타사업비용을 인력비용, 시설비용, 기타비용으로 집계한다.
2. 공익법인의 법인세 신고 관련 유의할 사항
① 공익법인에게 수익사업의 소득이 있는 경우에, 공익법인회계기준에서는 고유목적사업준비금을 부채로 회계처리하는 것을 인정하고 있다.
② 공익법인회계기준에서 규정하는 고유목적사업준비금은 법인세법 제29조[고유목적사업준비금의 손금산입]에 따라 한도계산을 적용한다.
③ 법인세법 시행령 제56조 제11항[임직원에게 지급하는 총급여액 중 8천만원 초과분]의 적용대상에 해당하여, 고유목적에 지출한 것으로 보지 아니하는 금액에 대해서는 상증령 제38조[공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리] 제2항에 따라 직접 공익목적사업에 사용하지 않는 것으로 보아 증여세가 과세될 수도 있으므로 유의해야 한다.
④ 공익법인이 회계감사를 받으면서 미수이자를 계상하는 경우에 원천징수대상 이자소득인 경우에는 법인세법상의 손익귀속사업연도 규정에 따라 익금불산입의 세무조정을 한다.
3. 외부전문가의 세무확인서 작성시 유의할 사항
① 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액이 5억원 이상이거나 해당 사업연도의 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인이 외부전문가 세무확인대상 공익법인이다.
[주] 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인과 국가 또는 지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등은 외부전문가 세무확인을 받지 않을 수 있다.
② 2명 이상의 외부전문가의 세무확인을 받게 되는데, 상증령 제43조 제1항의 규정에 따라 해당 공익법인등과 이해관계가 있는 경우에는 외부전문가로 선임될 수 없다.
③ 출연자 등 또는 그가 경영하는 회사와 소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문 등의 거래가 있는 사람인 경우에는 외부전문가로 선임될 수 없다.
④ 외부전문가 세무확인서를 작성하는 부분은 공익법인 출연재산 사후관리에 해당하는 부분으로 증여세, 가산세와 관련되어 있고 공익법인이 지정기부금단체인 경우에 증여세 추징금액이 사업연도별로 1천만원 이상인 경우에는 지정기부금단체 취소사유에 해당하므로 세무확인업무에 유의해야 한다.